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在離子色譜分析中，若水負峰的保留時間與待測離子的保留時間相同或接近時，就會產(chǎn)生干擾。
《水質(zhì) 無機陰離子（F-、Cl-、NO-2、Br-、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO42-4）的測定 離子色譜法》（HJ 84-2016）質(zhì)量保證和質(zhì)量控制規(guī)定，空白試驗結(jié)果應(yīng)低于方法檢出限，否則應(yīng)查明原因，重新分析直至合格之后才能測定樣品。
《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）適用于環(huán)境空氣顆粒物（包括TSP、PM10、PM2.5、降塵等）中水溶性陰離子的測定，也適用于在特殊天氣下，采集的顆粒物（如沙塵氣溶膠和沙塵暴降塵）樣品的分析。
《固定污染源廢氣 硫酸霧的測定 離子色譜法》（HJ 544-2016）的吸收液要臨用現(xiàn)配。
在離子色譜分析中，進樣體積大，水負峰亦大；淋洗液的濃度越高，水負峰越小。
采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣顆粒物中水溶性陰離子時，顆粒物濾膜實驗室空白試樣的制備是將與樣品采集同批次的空白濾膜帶至采樣現(xiàn)場，不采集顆粒物樣品，按照樣品的運輸和保存要求，與樣品一起帶回實驗室，按照與顆粒物濾膜試樣的制備相同步驟制備。
根據(jù)《水質(zhì) 碘化物的測定 離子色譜法》（HJ 778-2015）的質(zhì)量保證和質(zhì)量控制規(guī)定，每批試劑做一次試劑空白試驗，試劑空白試驗結(jié)果應(yīng)低于方法檢出限。
離子色譜法測定無機陰離子時，不被色譜柱保留或弱保留的陰離子干擾F-和Cl-測定時，用強淋洗液進行洗脫。
采用《固定污染源廢氣 硫酸霧的測定 離子色譜法》（HJ 544-2016）測定固定污染源廢氣中的硫酸霧時，如采樣使用的玻璃纖維濾筒空白值高于檢出限，用實驗用水反復(fù)浸洗濾筒，并超聲清洗，直至測定浸泡水的電導(dǎo)率小于3.0mS/m。
用離子色譜法測定廢氣中硫酸霧時，當樣品中含有鈣、鍶、鎂、銅、鐵等金屬陽離子時可以通過陰離子樹脂柱交換處理的方法，除去干擾。