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根據《水質 碘化物的測定 離子色譜法》（HJ 778-2015）的質量保證和質量控制規(guī)定，每批試劑做一次試劑空白試驗，試劑空白試驗結果應低于方法檢出限。
《水質 無機陰離子（F-、Cl-、NO-2、Br-、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO42-4）的測定 離子色譜法》（HJ 84-2016）樣品的采集和保存規(guī)定，采集的樣品應盡快分析。若不能及時測定，于4℃以下冷藏、避光保存，測定前過濾。
離子色譜法測定環(huán)境空氣和廢氣中氯化氫時，樣品采集完畢，吸收液移入具塞比色管中定容后，即可直接在離子色譜儀上進樣分析。
《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）的樣品運輸和保存規(guī)定，環(huán)境空氣降塵樣品置于樣品瓶中，在干燥器內保存。
《水質 磷酸鹽的測定 離子色譜法》（HJ 669-2013）的樣品采集與保存規(guī)定，采集的樣品應經0.45μm微孔濾膜過濾，其濾液不加任何保存劑，收集于聚乙烯或玻璃瓶內，在0℃~4℃下可保存48h。
采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣降塵中的水溶性陰離子時，為了防止樣品變質或冰凍，須在集塵缸內加入硫酸銅、防凍液等。
在離子色譜分析中，若水負峰的保留時間與待測離子的保留時間相同或接近時，就會產生干擾。
《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）測定的氯化氫指以氣態(tài)或霧滴形式存在的氯化氫氣體。
在離子色譜分析中，進樣體積大，水負峰亦大；淋洗液的濃度越高，水負峰越小。
采用《固定污染源廢氣 硫酸霧的測定 離子色譜法》（HJ 544-2016）測定固定污染源廢氣中的硫酸霧時，采樣使用的石英纖維濾筒無需前處理。