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在離子色譜分析中，若水負(fù)峰的保留時間與待測離子的保留時間相同或接近時，就會產(chǎn)生干擾。
《水質(zhì) 磷酸鹽的測定 離子色譜法》（HJ 669-2013）的樣品采集與保存規(guī)定，采集的樣品應(yīng)經(jīng)0.45μm微孔濾膜過濾，其濾液不加任何保存劑，收集于聚乙烯或玻璃瓶內(nèi)，在0℃~4℃下可保存48h。
采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣顆粒物中水溶性陰離子時，顆粒物濾膜實(shí)驗(yàn)室空白試樣的制備是將與樣品采集同批次的空白濾膜帶至采樣現(xiàn)場，不采集顆粒物樣品，按照樣品的運(yùn)輸和保存要求，與樣品一起帶回實(shí)驗(yàn)室，按照與顆粒物濾膜試樣的制備相同步驟制備。
《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）采用堿性吸收液吸收固定污染源廢氣和無組織排放樣品中的氯化氫。
用離子色譜法測定廢氣中硫酸霧時，當(dāng)樣品中含有鈣、鍶、鎂、銅、鐵等金屬陽離子時可以通過陰離子樹脂柱交換處理的方法，除去干擾。
采用離子色譜法測定水中磷酸鹽，樣品清潔，不存在重金屬、有機(jī)物等干擾的水樣，經(jīng)現(xiàn)場過濾后，可直接進(jìn)樣。
《環(huán)境空氣和廢氣 氯化氫的測定 離子色譜法》（HJ 549-2016）測定的氯化氫指以氣態(tài)或霧滴形式存在的氯化氫氣體。
在離子色譜分析中，進(jìn)樣體積大，水負(fù)峰亦大；淋洗液的濃度越高，水負(fù)峰越小。
采用《環(huán)境空氣 顆粒物中水溶性陰離子（F-、Cl-、Br-、NO-2、NO-3、PO3-4、SO2-3、SO2-4）的測定 離子色譜法》（HJ 799-2016）測定環(huán)境空氣降塵中的水溶性陰離子時，為了防止樣品變質(zhì)或冰凍，須在集塵缸內(nèi)加入硫酸銅、防凍液等。
離子色譜法測定環(huán)境空氣和廢氣中氯化氫時，樣品采集完畢，吸收液移入具塞比色管中定容后，即可直接在離子色譜儀上進(jìn)樣分析。